La conquista de las culturas mesoamericanas trajo consigo la ruptura del orden prehispánico y la imposición de un nuevo orden político, económico-social y cultural: la Nueva España.
El siglo XVI fue testigo de uno de los más grandes hechos que ha vivido la humanidad: el inicio de la expansión de Europa sobre el continente americano. El calificativo de conquista que se le ha dado a tal acontecimiento tiene una doble acepción pues incluye por un lado, la violenta conquista armada que sometió a los pueblos indígenas y, por el otro, el proceso de conversión al cristianismo (llamado conquista espiritual) que insertó a los nativos americanos en los patrones de la cultura occidental. Ambos procesos trajeron como consecuencia la imposición de instituciones económicas y políticas que transformaron la realidad de las comunidades indígenas, lo que constituyó otro tipo de conquista. En el proceso no solo se vieron afectados los indios, también los españoles tuvieron que adaptar sus propias visiones y prácticas al medio americano, un medio cuya realidad impuso también sus condiciones.
Así, la manera de pagar los tributos, algunas formas de organización social y política de las comunidades, el dominio de los caciques indígenas fueron elementos que las autoridades españolas conservaron y adaptaron al nuevo orden colonial. El siglo XVI está marcado así por el mestizaje, entendido no solo como un fenómeno biológico, sino, sobre todo, como un hecho cultural que entrelaza las aportaciones hispánicas e indígenas en un complejo entramado.
Sin embargo, el siglo XVI no es una unidad, en él se pueden distinguir dos épocas claramente diferentes. La primera que abarca desde la conquista de Tenochtitlán hasta 1565 aproximadamente, fue la etapa en la que fueron sometidos los pueblos de Mesoamérica al dominio español por medio de pactos o por la fuerza de las armas; el éxito de la empresa se debió en gran medida a la participación de los ejércitos de indígenas aliados. Como pago por sus hazañas militares durante las conquistas los españoles recibieron en encomienda el tributo y los servicios de los habitantes nativos creando una sociedad encomendera que a menudo abusó de sus privilegios.
De manera paralela, los misioneros comenzaron a introducir las prácticas cristianas para lo cual fue necesario reunir a los indios en poblaciones como las de España, enseñarles las técnicas y oficios de los europeos, introducir entre ellos el cultivo de nuevas plantas y la cría de animales domésticos y conformar instituciones comunitarias como los hospitales y las cofradías. En este proceso fue fundamental la ayuda de los indígenas mismos, sobre todo de los caciques y de sus hijos, quienes educados en los conventos colaboraron activamente con los frailes en su labor evangelizadora y con las autoridades españolas como gobernadores de sus pueblos. Un papel importante en el proceso fue el que tuvieron los colonos llegados después de la conquista; artesanos, artistas, técnicos y campesinos que trajeron consigo un cúmulo de conocimientos y actividades que propiciaron profundos cambios económicos. Para la habitación de estos colonos fueron creadas nuevas ciudades que son ahora las capitales de nuestro país como Puebla, Oaxaca, Mérida, Valladolid (hoy Morelia) y Guadalajara.
A partir de 1565 una serie de cambios alteró progresivamente las bases de esta primera sociedad colonial: la población indígena disminuyó drásticamente a causa de las epidemias y los malos tratos y a partir de ahí se hizo necesario redistribuir la mano de obra y el tributo para ser aprovechados por los nuevos colonos, y en otras actividades económicas que comenzaban a tener gran auge como la construcción y la minería. Así se sustituyó la encomienda por el repartimiento, un tipo de trabajo asalariado pero forzoso cuya distribución se encargó a funcionarios españoles. Al mismo tiempo, se creaba un grupo de burócratas que se encargarían de la recaudación y distribución del tributo indígena. Estos funcionarios arrebatarían a los encomenderos el control de las comunidades indias, proceso en el que la antigua nobleza indígena que las gobernaba se vio también profundamente afectada. Los terceros perjudicados por esos cambios fueron los frailes, pues lo virreyes de esta segunda mitad del siglo y los obispos procuraron tener mayor injerencia sobre unas comunidades en la que los religiosos tenían un poder casi absoluto.
